Tahapan mekanisme kerja MPDN sebagai berikut:

1. Pelapor yang mengetahui adanya kejadian kematian maternal dan perinatal melaporkan menggunakan telepon cerdas yang sudah terpasang Aplikasi MPDN.

2. Aplikasi MPDN dalam telepon cerdas merubah isian formulir menjadi data digital dan membentuk SMS untuk dikirimkan kepada Pusat Data di server Pusdatin Kementerian Kesehatan RI.

3. Di dalam Pusat Data terdapat koneksi ke SMS gateway yang merubah sinyal SMS menjadi data

4. Data dilakukan proses Regionalisasi, Kategorisasi dan Verifikasi.

5. Apabila data sudah lengkap maka akan menjadi suatu Laporan Kematian yang disajikan dalam 3 bentuk: Layar Utama (Dashboard), Daftar Kematian & Rekapitulasi Kematian.

6. Apabila data belum lengkap atau terjadi duplikasi laporan, maka memerlukan verifikasi dahulu sebelum menjadi Laporan Kematian.

7. Laporan Kematian oleh alat SMS gateway dirubah menjadi sinyal SMS, kemudian dikirimkan kepada Penerima & Pelapor yang sesuai hak aksesnya.

8. Aplikasi MPDN dalam telepon cerdas (Penerima & Pelapor) menerima SMS dari Pusat Data dan merubah menjadi tampilan MPDN di telepon cerdas.

9. Penerima melakukan analisis terhadap laporan yang masuk guna mengambil kebijakan yang diperlukan.

10. Untuk daerah dengan jangkauan internet yang lancar, proses pelaporan dan penerimaan laporan dapat dilakukan melalui jejaring internet.